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# This data set distributed with the R gap package
# contains eight ALDH2 markers and Japanese alcoholic patients and controls. 
# Source:
#      Prof Ian Craig of Oxford and SGDP Centre, KCL
# References:
#      Koch HG, McClay J, Loh E-W, Higuchi S, Zhao J-H, Sham P, Ball D,
#      et  al (2000) Allele association studies with {SSR} and {SNP}
#      markers  at known physical distances within a 1 Mb region
#      embracing the  {ALDH2} locus in the Japanese, demonstrates linkage
#      disequilibrium  extending up to 400 kb. Hum. Mol. Genet.
#      9:2993-2999
# EXON12 == rs671 E487K ALDH2*2
# EXON1  == rs6490301
#
# 
set locus alcoholism affection    .
set locus D12S2070   marker    114.567092 114567092 chr:12 
set locus D12S839    marker    113.955707 113955707 chr:12 
set locus D12S821    marker    111.459825 111459825 chr:12 
set locus D12S1344   marker    110.809882 110809882 chr:12 
set locus EXON12     marker    110.726149 110726149 chr:12 ALDH2(2)
set locus EXON1      marker    110.689178 110689178 chr:12
set locus D12S2263   marker    110.687106 110687106 chr:12 
set locus D12S1341   marker    113.575257 113575257 chr:12
read cases inline
2    y 4 4 3 4 3 7  8  10 2 2 2 2 6  8  5 8  
4    y 4 4 4 5 5 6  3  4  2 2 2 2 8  9  3 5  
6    y 4 4 3 5 3 5  3  8  2 2 2 2 7  10 8 8  
12   y 4 4 4 5 3 4  8  8  2 2 0 0 6  7  5 7  
13   y 4 4 5 5 5 6  3  3  2 2 2 2 9  9  6 6  
14   y 1 5 5 5 3 5  10 10 2 2 2 2 6  8  4 5  
15   y 2 5 4 5 3 3  8  8  2 2 2 2 7  8  7 8  
16   y 2 2 5 5 3 3  3  8  2 2 2 2 2  8  3 8  
17   y 2 2 4 4 3 5  3  8  2 2 2 2 8  8  4 5  
19   y 2 5 3 4 6 8  2  3  2 2 2 2 7  10 1 3  
20   y 4 4 4 4 3 9  8  13 2 2 2 1 5  8  5 7  
21   y 4 5 4 4 0 0  3  8  2 2 2 2 9  12 6 7  
22   y 1 4 3 5 5 8  3  9  2 2 2 1 6  8  5 7  
23   y 1 4 4 4 3 6  8  14 2 2 2 1 3  8  5 5  
25   y 4 5 4 5 3 8  8  8  2 1 2 2 8  8  5 5  
26   y 2 3 3 4 3 7  8  9  2 2 2 1 5  8  0 0  
27   y 2 5 4 5 3 6  0  0  2 2 2 1 3  8  7 8  
29   y 4 5 3 6 3 4  3  3  2 2 2 2 8  10 3 5  
30   y 4 5 3 5 3 9  8  9  2 1 2 1 5  8  5 7  
31   y 2 5 5 6 3 3  8  8  2 2 2 2 6  7  7 7  
35   y 1 1 4 5 0 0  8  9  2 2 2 1 0  0  5 8  
36   y 4 4 3 4 0 0  8  8  2 2 2 2 7  8  6 6  
39   y 1 5 3 5 0 0  8  13 2 2 2 1 7  8  5 5  
40   y 1 2 0 0 3 8  0  0  2 2 2 1 5  10 3 6  
42   y 4 5 3 4 0 0  8  8  2 2 0 0 7  8  4 8  
47   y 4 5 3 5 0 0  8  8  2 2 2 2 8  11 4 7  
49   y 1 2 3 4 3 5  3  8  2 2 2 2 8  8  3 6  
51   y 1 2 3 5 3 3  8  13 2 2 2 2 8  8  5 7  
58   y 4 4 4 4 4 4  6  8  2 2 2 2 6  11 3 5  
59   y 0 0 5 5 3 6  8  8  2 2 2 1 3  7  5 8  
62   y 1 4 3 4 3 3  8  9  2 2 2 2 6  7  5 5  
64   y 2 5 3 4 3 6  3  8  2 2 2 1 3  7  6 7  
65   y 1 5 3 4 3 7  3  4  2 2 2 1 5  8  5 5  
76   y 1 2 4 4 6 10 3  9  2 2 2 1 4  11 3 7  
79   y 4 8 3 5 4 8  3  4  2 2 2 2 7  7  3 3  
80   y 2 4 4 5 3 5  3  8  2 2 2 2 8  11 3 5  
81   y 2 5 5 5 6 9  3  3  2 2 2 2 7  9  3 5  
82   y 2 2 4 5 3 3  8  12 2 2 2 2 6  9  4 7  
84   y 4 5 4 5 6 6  3  12 2 2 2 1 3  8  5 7  
85   y 5 5 4 4 3 6  10 0  2 2 0 0 5  6  3 5  
87   y 5 5 4 5 3 5  6  8  2 2 2 2 7  10 3 5  
89   y 4 5 3 5 6 6  3  12 2 2 2 1 5  10 5 7  
90   y 2 5 4 5 3 5  3  8  2 2 2 2 7  8  4 5  
91   y 1 4 3 4 0 0  8  12 2 2 2 1 3  7  1 6  
92   y 2 4 3 5 3 5  8  8  2 2 2 2 8  8  7 7  
93   y 1 5 3 5 5 6  3  3  2 2 2 1 4  8  3 6  
95   y 2 4 4 5 8 9  9  9  2 2 1 1 5  8  4 5  
96   y 1 2 4 4 5 7  9  10 2 2 0 0 3  10 0 0  
98   y 0 0 4 4 6 6  3  11 2 2 2 1 3  7  3 5  
99   y 0 0 5 5 3 9  9  10 2 2 2 1 4  8  0 0  
102  y 4 5 4 5 3 5  3  8  2 2 2 2 7  11 4 5  
105  y 4 5 3 5 3 9  9  12 2 2 2 1 5  8  5 6  
106  y 0 0 5 5 6 8  3  9  2 2 0 0 5  11 6 7  
107  y 4 4 5 5 4 7  8  9  2 2 0 0 3  10 3 7  
108  y 2 2 4 5 3 3  3  8  2 2 2 2 7  8  5 7  
110  y 1 5 3 5 4 6  8  9  2 2 0 0 7  9  3 7  
117  y 1 4 4 5 3 7  3  8  2 2 0 0 9  9  5 7  
118  y 2 2 3 3 4 6  3  7  2 2 0 0 8  10 3 5  
123  y 1 4 3 5 3 10 8  9  2 2 2 1 8  8  4 7  
124  y 2 4 4 5 4 5  3  10 2 2 2 1 3  6  8 8  
125  y 1 2 3 3 3 11 8  9  2 2 2 1 4  7  5 7  
130  y 2 2 3 4 6 8  3  11 2 2 2 1 4  8  4 5  
131  y 4 4 4 5 5 9  3  9  2 2 1 1 4  4  5 8  
133  y 1 8 3 3 4 5  3  14 2 2 2 1 5  8  7 7  
134  y 2 4 4 4 0 0  8  9  2 2 0 0 3  4  3 7  
135  y 4 5 4 5 3 11 8  9  2 2 2 1 6  7  4 4  
136  y 4 4 4 5 3 13 9  10 2 2 0 0 4  9  4 5  
139  y 0 0 0 0 5 7  3  8  2 2 2 1 8  8  3 5  
144  y 4 5 4 5 3 5  3  8  2 2 2 2 7  9  5 5  
145  y 1 4 5 5 3 3  8  8  2 1 2 2 8  8  5 5  
149  y 1 4 3 4 3 6  3  8  2 2 2 2 8  9  6 7  
150  y 4 4 4 5 3 5  1  8  2 2 2 1 3  9  5 5  
153  y 4 4 3 3 4 5  3  8  2 2 2 2 6  10 3 5  
155  y 4 4 5 5 3 8  8  9  2 2 2 1 5  12 3 6  
157  y 2 2 4 4 3 6  8  13 2 2 2 1 6  9  5 8  
158  y 4 5 4 5 6 7  3  9  2 2 2 1 4  8  5 7  
162  y 4 6 3 5 3 6  3  8  0 0 2 2 8  8  5 7  
163  y 2 5 3 5 3 7  9  10 2 2 2 1 5  9  5 7  
166  y 4 4 4 4 3 6  3  8  2 2 2 2 6  11 6 7  
167  y 4 4 4 5 0 0  3  8  2 2 2 2 8  9  4 8  
168  y 2 5 3 4 3 3  8  8  2 2 2 2 7  9  7 7  
169  y 4 4 4 5 3 11 8  9  2 2 0 0 6  6  0 0  
171  y 5 5 5 5 3 10 8  9  2 2 2 1 5  7  8 10 
172  y 5 6 4 4 3 3  8  10 2 2 2 2 8  8  5 5  
173  y 4 5 5 5 0 0  8  12 2 2 0 0 8  9  4 5  
174  y 2 5 4 5 3 8  8  9  2 2 2 1 5  8  5 6  
175  y 4 4 4 4 8 10 9  9  2 2 1 1 5  8  7 7  
176  y 4 6 4 4 3 7  8  8  2 2 2 2 8  8  4 5  
177  y 2 4 4 4 3 7  8  8  2 2 2 2 7  8  3 8  
179  y 5 5 4 5 3 5  8  8  2 2 2 2 8  10 3 5  
182  y 4 4 3 4 2 5  3  8  2 2 2 2 8  8  7 7  
183  y 2 5 3 3 0 0  3  8  2 2 2 2 7  8  7 8  
184  y 2 5 3 5 0 0  9  14 2 2 1 1 4  6  3 4  
186  y 2 4 3 4 6 6  3  14 2 2 2 1 6  10 7 8  
188  y 4 4 3 4 3 6  8  9  2 2 2 1 5  8  3 5  
191  y 1 1 3 4 4 6  3  3  2 2 2 2 7  12 5 5  
193  y 2 6 3 5 3 7  9  11 2 2 2 1 3  7  5 7  
194  y 1 4 3 5 3 4  8  8  2 2 2 2 7  8  5 6  
195  y 5 5 2 5 3 3  8  8  2 2 2 2 9  10 7 7  
196  y 2 4 4 4 2 6  3  8  2 2 2 2 6  8  5 8  
198  y 1 4 4 5 6 8  3  9  2 2 2 1 4  8  3 10 
199  y 1 6 3 4 3 3  8  12 2 2 2 2 8  10 7 7  
201  y 5 5 4 4 6 6  9  13 2 2 1 1 5  10 4 7  
202  y 2 2 3 5 4 5  3  3  2 2 2 2 8  9  7 7  
205  y 2 4 3 4 3 7  8  11 2 2 2 1 3  8  3 7  
208  y 4 5 4 5 3 3  8  10 2 2 2 2 10 10 4 7  
209  y 2 5 5 5 3 3  6  8  2 2 2 2 9  10 3 3  
215  y 4 6 4 5 0 0  9  9  2 2 1 1 2  6  5 8  
219  y 2 5 3 4 4 8  9  10 2 2 2 1 4  8  7 8  
220  y 2 4 5 5 3 7  8  9  2 2 2 1 5  8  7 8  
222  y 1 4 5 5 3 8  8  9  2 2 2 1 5  10 4 7  
223  y 2 2 4 5 3 6  9  11 2 2 2 1 5  9  7 8  
228  y 4 4 3 4 3 8  3  9  2 2 2 1 7  10 3 8  
229  y 5 5 3 6 5 10 9  12 2 2 2 1 4  8  1 7  
230  y 2 5 3 4 3 5  3  10 2 2 0 0 8  8  5 7  
231  y 4 4 4 4 3 7  8  9  2 2 2 2 8  9  3 3  
233  y 5 6 4 5 4 7  8  9  2 2 0 0 5  10 7 7  
234  y 2 4 4 4 3 4  3  8  2 2 0 0 8  9  6 7  
235  y 4 4 4 5 4 4  3  8  2 2 2 2 8  9  5 8  
237  y 5 7 4 4 3 3  8  8  2 2 2 2 7  9  5 7  
238  y 4 4 3 4 5 7  8  9  2 2 0 0 3  8  5 5  
240  y 1 5 3 5 6 8  0  0  2 2 2 1 8  8  5 7  
242  y 5 5 4 4 8 10 0  0  2 2 0 0 9  9  5 7  
243? y 1 5 3 3 3 6  3  13 0 0 2 1 5  5  3 7  
244  y 0 0 3 3 5 7  0  0  2 2 0 0 8  8  0 0  
245  y 4 4 3 5 6 7  3  11 2 2 2 1 3  9  3 7  
247  y 2 5 3 4 3 3  8  9  2 2 2 1 5  8  6 7  
248  y 1 2 4 5 3 6  8  9  2 2 2 1 0  0  3 7  
249  y 4 4 5 5 2 3  8  12 2 2 2 2 6  7  4 4  
251  y 4 4 3 3 3 4  6  8  2 2 2 2 7  8  8 9  
N100 n 0 0 0 0 3 3  0  0  2 1 0 0 9  13 3 5  
N101 n 4 5 4 4 3 3  8  8  2 1 2 2 9  10 3 5  
N102 n 4 4 5 5 6 6  3  9  2 2 2 1 6  9  3 6  
N11  n 4 5 3 5 0 0  0  0  2 1 2 1 6  9  7 8  
N115 n 4 4 5 5 0 0  0  0  2 2 2 2 9  9  7 7  
N12  n 2 4 3 3 4 6  0  0  2 2 2 2 11 12 5 9  
N122 n 1 5 3 4 6 6  8  8  2 1 0 0 9  12 7 8  
N13  n 4 5 5 5 3 5  3  8  2 2 2 1 4  9  4 5  
N133 n 0 0 0 0 0 0  0  0  2 1 0 0 0  0  1 4  
N14  n 0 0 0 0 0 0  0  0  2 2 0 0 0  0  6 7  
N142 n 2 4 4 5 3 3  8  8  2 1 0 0 0  0  4 7  
N15  n 5 5 4 5 3 3  8  8  2 1 0 0 0  0  5 6  
N16  n 1 4 3 4 2 3  8  8  2 1 2 2 7  9  8 8  
N17  n 0 0 0 0 0 0  0  0  2 2 0 0 0  0  5 5  
N18  n 4 4 3 4 3 3  8  8  2 2 2 2 9  9  3 5  
N188 n 2 4 5 5 0 0  6  8  2 2 2 2 9  11 7 7  
N19  n 4 5 4 5 3 3  8  8  2 2 2 2 8  11 4 4  
N193 n 1 4 3 4 0 0  4  8  2 2 2 2 10 11 3 7  
N196 n 4 4 3 4 4 4  3  9  2 2 0 0 8  9  7 8  
N20  n 2 5 4 4 0 0  0  0  2 2 0 0 8  11 6 7  
N21  n 2 2 5 5 3 3  8  8  2 1 2 2 7  9  3 5  
N218 n 5 7 5 5 3 6  8  8  2 2 2 2 8  9  5 5  
N23  n 2 2 3 4 2 3  8  8  2 2 2 2 9  10 7 8  
N24  n 4 4 4 4 5 6  3  3  2 2 2 1 5  11 6 7  
N25  n 1 4 4 4 3 5  6  8  2 2 2 2 9  9  3 5  
N26  n 2 2 3 3 2 3  8  8  2 2 2 2 9  12 7 7  
N27  n 4 4 4 5 3 5  3  8  2 2 0 0 4  9  3 8  
N29  n 4 5 3 3 3 6  8  8  2 2 0 0 8  9  5 5  
N31  n 2 5 3 5 5 5  3  8  2 1 2 2 8  9  5 7  
N32  n 5 5 3 3 3 6  3  8  2 1 0 0 7  9  6 7  
N33  n 4 5 3 4 3 6  3  11 2 2 0 0 4  8  7 8  
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