!
! This file contains the data from the Diabetic Retinopathy 
! Study used for a sample data analysis in: 
! 
! Title:   Modeling Clustered, Discrete or Grouped-Time 
! 		Survival Data with Covariates
! Authors: Eric Ross and Dirk Moore (Biometrics)
! These data were provided by Dr. William Huster
! and have been analysed by numerous authors.
! Initial publication:
!  Huster WJ, Brookmeyer R, Self SG (1989). Modelling paired survival data 
!    with covariates. Biometrics 45: 145-156.
!
!           Huster et al 1989 Glidden al        Sib-pair       coxph
!           parametric        Cox-gamma frailty Weibull-normal normal frailty
! treatment     -0.43 (0.22)  -0.42             0.533 (0.246)  -0.500 (0.225)
! diabetes type  0.37 (0.20)   0.35            -0.448 (0.287)   0.399 (0.245)
! interaction   -0.84 (0.35)  -0.82             1.064 (0.383)  -0.966 (0.361)
! frailty SD      -            1.01             1.084 (0.263)   0.913
!
!           Cai et al 2002    Zeng et al (2006)
!           Prop Odds model   Prop Odds model  
! treatment     -0.46 (0.30)  -0.659 (0.295)   
! diabetes type  0.74 (0.38)   0.496 (0.345)   
! interaction   -1.41 (0.54)  -1.234 (0.466)   
! frailty SD     1.00 [fixed]  1.296 (0.251)   
!
! pedigree = individual
! id 1 = treated eye
! id 2 = untreated eye
!
set loc type2       aff . type of diabetes 1=early onset 2=late onset
set loc treatment   aff . Treated by photocoagulation
set loc time        qua . Time followed up
set loc visualloss  aff . visual acuity < 5/200 in that eye
read pedigree inline
5    1 x x x 2 y 46.23 n 
5    2 x x x 2 n 46.23 n 
14   1 x x x 1 y 42.5  n 
14   2 x x x 1 n 31.3  y 
16   1 x x x 1 y 42.27 n 
16   2 x x x 1 n 42.27 n 
25   1 x x x 1 y 20.6  n 
25   2 x x x 1 n 20.6  n 
29   1 x x x 1 y 38.77 n 
29   2 x x x 1 n 0.3   y 
46   1 x x x 1 y 65.23 n 
46   2 x x x 1 n 54.27 y 
49   1 x x x 1 y 63.5  n 
49   2 x x x 1 n 10.8  y 
56   1 x x x 1 y 23.17 n 
56   2 x x x 1 n 23.17 n 
61   1 x x x 1 y 1.47  n 
61   2 x x x 1 n 1.47  n 
71   1 x x x 2 y 58.07 n 
71   2 x x x 2 n 13.83 y 
100  1 x x x 2 y 46.43 y 
100  2 x x x 2 n 48.53 n 
112  1 x x x 2 y 44.4  n 
112  2 x x x 2 n 7.9   y 
120  1 x x x 2 y 39.57 n 
120  2 x x x 2 n 39.57 n 
127  1 x x x 2 y 30.83 y 
127  2 x x x 2 n 38.57 y 
133  1 x x x 2 y 66.27 n 
133  2 x x x 2 n 14.1  y 
150  1 x x x 1 y 20.17 y 
150  2 x x x 1 n 6.9   y 
167  1 x x x 2 y 58.43 n 
167  2 x x x 2 n 41.4  y 
176  1 x x x 1 y 58.2  n 
176  2 x x x 1 n 58.2  n 
185  1 x x x 2 y 57.43 n 
185  2 x x x 2 n 57.43 n 
190  1 x x x 1 y 56.03 n 
190  2 x x x 1 n 56.03 n 
202  1 x x x 1 y 67.53 n 
202  2 x x x 1 n 67.53 n 
214  1 x x x 2 y 61.4  n 
214  2 x x x 2 n 0.6   y 
220  1 x x x 1 y 10.27 y 
220  2 x x x 1 n 1.63  y 
243  1 x x x 1 y 66.2  n 
243  2 x x x 1 n 66.2  n 
255  1 x x x 1 y 5.67  y 
255  2 x x x 1 n 13.83 y 
264  1 x x x 1 y 58.83 n 
264  2 x x x 1 n 29.97 y 
266  1 x x x 2 y 60.27 n 
266  2 x x x 2 n 26.37 y 
284  1 x x x 2 y 5.77  y 
284  2 x x x 2 n 1.33  y 
295  1 x x x 1 y 5.9   y 
295  2 x x x 1 n 35.53 y 
300  1 x x x 2 y 25.63 y 
300  2 x x x 2 n 21.9  y 
302  1 x x x 1 y 33.9  y 
302  2 x x x 1 n 14.8  y 
315  1 x x x 1 y 1.73  y 
315  2 x x x 1 n 6.2   y 
324  1 x x x 2 y 46.9  n 
324  2 x x x 2 n 22    y 
328  1 x x x 1 y 31.13 n 
328  2 x x x 1 n 31.13 n 
335  1 x x x 1 y 30.2  y 
335  2 x x x 1 n 22    y 
342  1 x x x 1 y 70.9  n 
342  2 x x x 1 n 70.9  n 
349  1 x x x 2 y 25.8  y 
349  2 x x x 2 n 13.87 y 
357  1 x x x 2 y 5.73  y 
357  2 x x x 2 n 48.3  y 
368  1 x x x 1 y 53.43 n 
368  2 x x x 1 n 53.43 n 
385  1 x x x 1 y 1.9   y 
385  2 x x x 1 n 51.1  n 
396  1 x x x 2 y 9.9   y 
396  2 x x x 2 n 9.9   y 
405  1 x x x 1 y 34.2  n 
405  2 x x x 1 n 34.2  n 
409  1 x x x 2 y 46.73 n 
409  2 x x x 2 n 2.67  y 
419  1 x x x 2 y 18.73 n 
419  2 x x x 2 n 13.83 y 
429  1 x x x 2 y 32.03 n 
429  2 x x x 2 n 4.27  y 
433  1 x x x 2 y 69.87 n 
433  2 x x x 2 n 13.9  y 
445  1 x x x 1 y 66.8  n 
445  2 x x x 1 n 66.8  n 
454  1 x x x 1 y 64.73 n 
454  2 x x x 1 n 64.73 n 
468  1 x x x 1 y 1.7   y 
468  2 x x x 1 n 1.7   y 
480  1 x x x 1 y 1.77  y 
480  2 x x x 1 n 43.03 y 
485  1 x x x 1 y 29.03 n 
485  2 x x x 1 n 29.03 n 
491  1 x x x 2 y 56.57 n 
491  2 x x x 2 n 56.57 n 
503  1 x x x 2 y 8.3   y 
503  2 x x x 2 n 8.3   y 
515  1 x x x 2 y 21.57 n 
515  2 x x x 2 n 18.43 y 
522  1 x x x 1 y 31.57 n 
522  2 x x x 1 n 31.57 n 
538  1 x x x 2 y 31.63 n 
538  2 x x x 2 n 31.63 y 
547  1 x x x 2 y 39.77 n 
547  2 x x x 2 n 39.77 n 
550  1 x x x 1 y 18.7  y 
550  2 x x x 1 n 6.53  y 
554  1 x x x 1 y 18.9  n 
554  2 x x x 1 n 18.9  n 
557  1 x x x 1 y 56.8  n 
557  2 x x x 1 n 22.23 y 
561  1 x x x 1 y 55.6  n 
561  2 x x x 1 n 14    y 
568  1 x x x 1 y 42.17 y 
568  2 x x x 1 n 42.17 y 
572  1 x x x 1 y 10.7  n 
572  2 x x x 1 n 5.33  y 
576  1 x x x 1 y 66.33 n 
576  2 x x x 1 n 59.8  y 
581  1 x x x 2 y 52.33 n 
581  2 x x x 2 n 5.83  y 
606  1 x x x 1 y 58.17 n 
606  2 x x x 1 n 2.17  y 
610  1 x x x 1 y 14.3  y 
610  2 x x x 1 n 48.43 y 
615  1 x x x 1 y 25.83 n 
615  2 x x x 1 n 25.83 n 
618  1 x x x 1 y 45.4  n 
618  2 x x x 1 n 45.4  n 
624  1 x x x 1 y 47.6  n 
624  2 x x x 1 n 47.6  n 
631  1 x x x 1 y 13.33 y 
631  2 x x x 1 n 9.6   y 
636  1 x x x 1 y 42.1  n 
636  2 x x x 1 n 42.1  n 
645  1 x x x 1 y 39.93 n 
645  2 x x x 1 n 39.93 n 
653  1 x x x 1 y 14.27 y 
653  2 x x x 1 n 7.6   y 
662  1 x x x 1 y 34.57 y 
662  2 x x x 1 n 1.8   y 
664  1 x x x 1 y 65.8  n 
664  2 x x x 1 n 4.3   y 
683  1 x x x 2 y 4.1   y 
683  2 x x x 2 n 12.2  y 
687  1 x x x 1 y 60.93 n 
687  2 x x x 1 n 60.93 n 
701  1 x x x 1 y 57.2  n 
701  2 x x x 1 n 57.2  n 
706  1 x x x 2 y 38.07 n 
706  2 x x x 2 n 12.73 y 
717  1 x x x 2 y 54.1  n 
717  2 x x x 2 n 54.1  y 
722  1 x x x 1 y 59.27 n 
722  2 x x x 1 n 9.4   y 
731  1 x x x 1 y 21.57 y 
731  2 x x x 1 n 9.9   y 
740  1 x x x 1 y 54.1  n 
740  2 x x x 1 n 54.1  n 
749  1 x x x 2 y 50.47 n 
749  2 x x x 2 n 50.47 n 
757  1 x x x 1 y 46.17 n 
757  2 x x x 1 n 46.17 n 
760  1 x x x 1 y 46.3  n 
760  2 x x x 1 n 46.3  n 
766  1 x x x 2 y 38.83 n 
766  2 x x x 2 n 38.83 n 
769  1 x x x 1 y 44.6  n 
769  2 x x x 1 n 44.6  n 
772  1 x x x 1 y 43.07 n 
772  2 x x x 1 n 43.07 n 
778  1 x x x 2 y 26.23 y 
778  2 x x x 2 n 40.03 n 
780  1 x x x 1 y 41.6  n 
780  2 x x x 1 n 18.03 y 
793  1 x x x 2 y 38.07 n 
793  2 x x x 2 n 38.07 n 
800  1 x x x 2 y 65.23 n 
800  2 x x x 2 n 65.23 n 
804  1 x x x 2 y 7.07  y 
804  2 x x x 2 n 66.77 n 
810  1 x x x 1 y 13.77 y 
810  2 x x x 1 n 13.77 y 
815  1 x x x 2 y 9.63  n 
815  2 x x x 2 n 9.63  y 
832  1 x x x 1 y 46.23 n 
832  2 x x x 1 n 46.23 n 
834  1 x x x 1 y 45.73 n 
834  2 x x x 1 n 1.5   y 
838  1 x x x 2 y 33.63 y 
838  2 x x x 2 n 33.63 y 
857  1 x x x 1 y 40.17 n 
857  2 x x x 1 n 40.17 n 
866  1 x x x 2 y 63.33 y 
866  2 x x x 2 n 27.6  y 
887  1 x x x 2 y 38.47 y 
887  2 x x x 2 n 1.63  y 
903  1 x x x 2 y 55.23 n 
903  2 x x x 2 n 55.23 n 
910  1 x x x 2 y 52.77 n 
910  2 x x x 2 n 25.3  y 
920  1 x x x 1 y 57.17 n 
920  2 x x x 1 n 46.2  y 
925  1 x x x 2 y 9.87  n 
925  2 x x x 2 n 1.7   y 
931  1 x x x 1 y 57.9  n 
931  2 x x x 1 n 57.9  n 
936  1 x x x 1 y 5.9   n 
936  2 x x x 1 n 5.9   n 
945  1 x x x 1 y 32.2  n 
945  2 x x x 1 n 32.2  n 
949  1 x x x 1 y 10.33 y 
949  2 x x x 1 n 0.83  y 
952  1 x x x 1 y 6.13  y 
952  2 x x x 1 n 50.9  n 
962  1 x x x 1 y 43.67 n 
962  2 x x x 1 n 25.93 y 
964  1 x x x 1 y 38.3  n 
964  2 x x x 1 n 38.3  n 
971  1 x x x 2 y 38.77 n 
971  2 x x x 2 n 19.4  y 
978  1 x x x 1 y 38.07 n 
978  2 x x x 1 n 21.97 y 
983  1 x x x 1 y 38.3  n 
983  2 x x x 1 n 38.3  n 
987  1 x x x 1 y 26.2  y 
987  2 x x x 1 n 70.03 n 
1002 1 x x x 1 y 62.57 n 
1002 2 x x x 1 n 18.03 y 
1017 1 x x x 2 y 13.83 y 
1017 2 x x x 2 n 1.57  y 
1029 1 x x x 2 y 46.5  n 
1029 2 x x x 2 n 13.37 y 
1034 1 x x x 1 y 11.07 y 
1034 2 x x x 1 n 1.97  y 
1037 1 x x x 2 y 42.47 n 
1037 2 x x x 2 n 22.2  y 
1042 1 x x x 2 y 38.73 n 
1042 2 x x x 2 n 38.73 n 
1069 1 x x x 2 y 51.13 n 
1069 2 x x x 2 n 51.13 n 
1074 1 x x x 1 y 6.1   y 
1074 2 x x x 1 n 46.5  n 
1098 1 x x x 1 y 2.1   y 
1098 2 x x x 1 n 11.3  y 
1102 1 x x x 1 y 17.73 y 
1102 2 x x x 1 n 42.3  n 
1112 1 x x x 1 y 26.47 n 
1112 2 x x x 1 n 26.47 n 
1117 1 x x x 1 y 10.77 n 
1117 2 x x x 1 n 10.77 n 
1126 1 x x x 2 y 55.33 n 
1126 2 x x x 2 n 55.33 n 
1135 1 x x x 1 y 58.67 n 
1135 2 x x x 1 n 58.67 n 
1145 1 x x x 2 y 12.93 y 
1145 2 x x x 2 n 4.97  y 
1148 1 x x x 2 y 54.2  n 
1148 2 x x x 2 n 26.47 y 
1167 1 x x x 1 y 49.57 n 
1167 2 x x x 1 n 49.57 n 
1184 1 x x x 2 y 24.43 y 
1184 2 x x x 2 n 9.87  y 
1191 1 x x x 2 y 50.23 n 
1191 2 x x x 2 n 50.23 n 
1205 1 x x x 1 y 13.97 y 
1205 2 x x x 1 n 30.4  y 
1213 1 x x x 1 y 43.33 n 
1213 2 x x x 1 n 43.33 y 
1228 1 x x x 2 y 42.23 n 
1228 2 x x x 2 n 42.23 n 
1247 1 x x x 1 y 74.93 n 
1247 2 x x x 1 n 74.93 n 
1250 1 x x x 2 y 66.93 n 
1250 2 x x x 2 n 66.93 n 
1253 1 x x x 1 y 73.43 n 
1253 2 x x x 1 n 73.43 n 
1267 1 x x x 2 y 67.47 n 
1267 2 x x x 2 n 38.57 y 
1281 1 x x x 2 y 3.67  n 
1281 2 x x x 2 n 3.67  y 
1287 1 x x x 1 y 48.87 y 
1287 2 x x x 1 n 67.03 n 
1293 1 x x x 1 y 65.6  n 
1293 2 x x x 1 n 65.6  n 
1296 1 x x x 1 y 15.83 n 
1296 2 x x x 1 n 15.83 y 
1309 1 x x x 2 y 20.07 n 
1309 2 x x x 2 n 8.83  y 
1312 1 x x x 1 y 67.43 n 
1312 2 x x x 1 n 67.43 n 
1317 1 x x x 1 y 1.47  n 
1317 2 x x x 1 n 1.47  n 
1321 1 x x x 1 y 62.93 n 
1321 2 x x x 1 n 22.13 y 
1333 1 x x x 1 y 6.3   y 
1333 2 x x x 1 n 56.97 n 
1347 1 x x x 1 y 59.7  n 
1347 2 x x x 1 n 18.93 y 
1361 1 x x x 1 y 13.8  y 
1361 2 x x x 1 n 19    y 
1366 1 x x x 2 y 55.13 n 
1366 2 x x x 2 n 55.13 n 
1373 1 x x x 1 y 13.57 y 
1373 2 x x x 1 n 5.43  y 
1397 1 x x x 2 y 42.2  n 
1397 2 x x x 2 n 42.2  n 
1410 1 x x x 2 y 38.27 n 
1410 2 x x x 2 n 38.27 n 
1413 1 x x x 1 y 7.1   n 
1413 2 x x x 1 n 7.1   y 
1425 1 x x x 2 y 63.63 n 
1425 2 x x x 2 n 26.17 y 
1447 1 x x x 1 y 59    n 
1447 2 x x x 1 n 24.73 y 
1461 1 x x x 2 y 54.37 n 
1461 2 x x x 2 n 54.37 n 
1469 1 x x x 2 y 54.6  n 
1469 2 x x x 2 n 10.97 y 
1480 1 x x x 2 y 63.87 n 
1480 2 x x x 2 n 21.1  y 
1487 1 x x x 2 y 62.37 n 
1487 2 x x x 2 n 43.7  y 
1491 1 x x x 2 y 62.8  n 
1491 2 x x x 2 n 62.8  n 
1499 1 x x x 2 y 63.33 n 
1499 2 x x x 2 n 14.37 y 
1503 1 x x x 2 y 58.53 n 
1503 2 x x x 2 n 58.53 n 
1513 1 x x x 2 y 58.07 n 
1513 2 x x x 2 n 58.07 n 
1524 1 x x x 2 y 58.5  n 
1524 2 x x x 2 n 58.5  n 
1533 1 x x x 2 y 1.5   y 
1533 2 x x x 2 n 14.37 n 
1537 1 x x x 1 y 54.73 n 
1537 2 x x x 1 n 38.4  y 
1552 1 x x x 1 y 50.63 n 
1552 2 x x x 1 n 2.83  y 
1554 1 x x x 2 y 51.1  n 
1554 2 x x x 2 n 51.1  n 
1562 1 x x x 2 y 49.93 n 
1562 2 x x x 2 n 6.57  y 
1572 1 x x x 2 y 46.27 n 
1572 2 x x x 2 n 46.27 y 
1581 1 x x x 2 y 10.6  n 
1581 2 x x x 2 n 10.6  n 
1585 1 x x x 2 y 42.77 n 
1585 2 x x x 2 n 42.77 n 
1596 1 x x x 1 y 34.37 y 
1596 2 x x x 1 n 42.27 n 
1600 1 x x x 1 y 42.07 n 
1600 2 x x x 1 n 42.07 n 
1603 1 x x x 1 y 38.77 n 
1603 2 x x x 1 n 38.77 n 
1619 1 x x x 2 y 74.97 n 
1619 2 x x x 2 n 61.83 y 
1627 1 x x x 1 y 6.57  y 
1627 2 x x x 1 n 66.97 n 
1636 1 x x x 1 y 38.87 y 
1636 2 x x x 1 n 68.3  n 
1640 1 x x x 1 y 42.43 y 
1640 2 x x x 1 n 46.63 y 
1643 1 x x x 1 y 67.07 n 
1643 2 x x x 1 n 67.07 n 
1649 1 x x x 1 y 2.7   y 
1649 2 x x x 1 n 2.7   n 
1666 1 x x x 1 y 63.8  n 
1666 2 x x x 1 n 63.8  n 
1672 1 x x x 1 y 32.63 n 
1672 2 x x x 1 n 32.63 n 
1683 1 x x x 2 y 62    n 
1683 2 x x x 2 n 62    n 
1688 1 x x x 1 y 13.1  y 
1688 2 x x x 1 n 54.8  n 
1705 1 x x x 1 y 8     n 
1705 2 x x x 1 n 8     n 
1717 1 x x x 2 y 51.6  n 
1717 2 x x x 2 n 42.33 y 
1727 1 x x x 2 y 49.97 n 
1727 2 x x x 2 n 2.9   y 
1746 1 x x x 1 y 45.9  n 
1746 2 x x x 1 n 1.43  y 
1749 1 x x x 2 y 41.93 n 
1749 2 x x x 2 n 41.93 n 
;;;;
run
set loc type_rx aff
(type_rx=n)
if (type2 and treatment) then type_rx=y
macro dofpm
  set chains 4
  set iter %1
  fpm time nqtl 0 c likelihood weibull censor visualloss \
      cov treatment + type2 + type_rx
;;;;
