!
! AD case-control study versus APOE
! Bickeboller et al AJHG 1996; 60:439-446
! 
set locus age  qua . 1= <60 2=60-69 3=70-79 4=80+ 
set locus ad   aff . Alzheimers                           
set locus apoe mar . APOE                                 
read cases inline sex
1    m 1 y 4/4 
2    m 1 y 4/4 
3    m 1 y 4/4 
4    m 1 y 4/4 
5    m 1 y 4/4 
6    m 1 y 4/4 
7    m 1 y 3/4 
8    m 1 y 3/4 
9    m 1 y 3/4 
10   m 1 y 3/4 
11   m 1 y 3/4 
12   m 1 y 3/4 
13   m 1 y 3/4 
14   m 1 y 3/4 
15   m 1 y 3/4 
16   m 1 y 3/4 
17   m 1 y 3/4 
18   m 1 y 3/4 
19   m 1 y 3/4 
20   m 1 y 3/4 
21   m 1 y 3/4 
22   m 1 y 3/4 
23   m 1 y 3/4 
24   m 1 y 3/3 
25   m 1 y 3/3 
26   m 1 y 3/3 
27   m 1 y 3/3 
28   m 1 y 3/3 
29   m 1 y 3/3 
30   m 1 y 3/3 
31   m 1 y 3/3 
32   m 1 y 3/3 
33   m 1 y 3/3 
34   m 1 y 3/3 
35   m 1 y 3/3 
36   m 1 y 3/3 
37   m 1 y 3/3 
38   m 1 y 3/3 
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43   m 1 y 3/3 
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45   m 1 y 3/3 
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163  f 1 y 3/4 
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166  f 1 y 3/4 
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1011 f 4 n 3/4 
1012 f 4 n 3/4 
1013 f 4 n 3/4 
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1021 f 4 n 3/4 
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1373 f 4 n 2/4 
1374 f 4 n 2/4 
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1376 f 4 n 2/4 
1377 f 4 n 2/4 
1378 f 4 n 2/4 
1379 f 4 n 2/4 
1380 f 4 n 2/4 
1381 f 4 n 2/4 
1382 f 4 n 2/4 
1383 f 4 n 2/4 
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1385 f 4 n 2/4 
1386 f 4 n 2/3 
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1408 f 4 n 2/3 
1409 f 4 n 2/3 
1410 f 4 n 2/3 
1411 f 4 n 2/3 
1412 f 4 n 2/3 
1413 f 4 n 2/3 
1414 f 4 n 2/3 
1415 f 4 n 2/3 
1416 f 4 n 2/3 
1417 f 4 n 2/3 
1418 f 4 n 2/3 
1419 f 4 n 2/3 
1420 f 4 n 2/3 
1421 f 4 n 2/3 
1422 f 4 n 2/3 
1423 f 4 n 2/3 
1424 f 4 n 2/3 
1425 f 4 n 2/3 
1426 f 4 n 2/3 
1427 f 4 n 2/3 
1428 f 4 n 2/3 
1429 f 4 n 2/3 
1430 f 4 n 2/3 
1431 f 4 n 2/3 
1432 f 4 n 2/3 
1433 f 4 n 2/3 
1434 f 4 n 2/3 
1435 f 4 n 2/3 
1436 f 4 n 2/3 
1437 f 4 n 2/3 
1438 f 4 n 2/3 
1439 f 4 n 2/3 
1440 f 4 n 2/3 
1441 f 4 n 2/3 
1442 f 4 n 2/3 
1443 f 4 n 2/3 
1444 f 4 n 2/2 
1445 f 4 n 2/2 
1446 f 4 n 2/2 
1447 f 4 n 2/2 
;;;;
run
macro mklevel
 set locus %1%2 aff
 if (%1 ^= x) then %1%2=(%1 == %2)
;;;;
mklevel age { 2 3 4 }
reg ad = apoe age2 age3 age4
reg ad = age2 age3 age4
lrt
ass age cat
set ple -1
echo Test Age by APOE 
llm ad apoe age ad*apoe ad*age apoe*age
llm ad apoe age ad*apoe ad*age
lrt
echo Test AD by Age
llm ad apoe age ad*apoe ad*age apoe*age
llm ad apoe age ad*apoe apoe*age
lrt
echo Test AD by APOE
llm ad apoe age ad*apoe ad*age apoe*age
llm ad apoe age ad*age apoe*age
lrt

