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# From Appendix 2 of the Genepop manual Version 3.3, March 2001
#
# The following example (due to A.J. Gharrett) illustrates the results
# obtained by the different methods for the data shown on next page.
#
# Estimate                              Fis     Fst     Fit
# -------------------------------- -------- ------- -------
# Loc1                              -0.0483  0.5712  0.5505
# Loc2                              -0.1161  0.8560  0.8393
# Loc3                               0.0051 -0.0023  0.0028
# Multilocus (1984 a,b,c method)    -0.0286  0.5606  0.5480
# Multilocus (1996 S1,S2,S3 method) -0.0286  0.5633  0.5508
# Multilocus (Genepop v3.3)         -0.0275  0.5436  0.5310
# 
# Most of the time the different estimators yield close values.
#
set loc pop cat 1=PopI 2=PopJ 3=PopK
set loc Loc1 mar
set loc Loc2 mar
set loc Loc3 mar
read ped inline
PopI 0001 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0002 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0003 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0004 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0005 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0006 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0007 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0008 x x x 1 01/01 01/01 01/01 
PopI 0009 x x x 1 01/02 01/02 01/01 
PopI 0010 x x x 1 01/02 01/02 01/01 
PopI 0011 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0012 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0013 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0014 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0015 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0016 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0017 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0018 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0019 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0020 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0021 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0022 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0023 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0024 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0025 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0026 x x x 1 01/01 01/01 01/02 
PopI 0027 x x x 1 01/02 01/02 01/02 
PopI 0028 x x x 1 01/02 01/02 01/02 
PopI 0029 x x x 1 01/02 01/02 01/02 
PopI 0030 x x x 1 01/02 01/02 01/02 
PopI 0031 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0032 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0033 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0034 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0035 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0036 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0037 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0038 x x x 1 01/01 01/01 02/02 
PopI 0039 x x x 1 01/02 01/02 02/02 
PopI 0040 x x x 1 01/02 01/02 02/02 
PopI 0041 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0042 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0043 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0044 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0045 x x x 1 01/01  x/x  01/01 
PopI 0046 x x x 1 01/01  x/x  01/01 
PopI 0047 x x x 1 01/01  x/x  01/01 
PopI 0048 x x x 1 01/01  x/x  01/01 
PopI 0049 x x x 1 01/02  x/x   x/x  
PopI 0050 x x x 1 01/02  x/x  01/01 
PopI 0051 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0052 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0053 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0054 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0055 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0056 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0057 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0058 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0059 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0060 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0061 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0062 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0063 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0064 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0065 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0066 x x x 1 01/01  x/x  01/02 
PopI 0067 x x x 1 01/02  x/x   x/x  
PopI 0068 x x x 1 01/02  x/x   x/x  
PopI 0069 x x x 1 01/02  x/x  01/02 
PopI 0070 x x x 1 01/02  x/x  01/02 
PopI 0071 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0072 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0073 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0074 x x x 1 01/01  x/x   x/x  
PopI 0075 x x x 1 01/01  x/x  02/02 
PopI 0076 x x x 1 01/01  x/x  02/02 
PopI 0077 x x x 1 01/01  x/x  02/02 
PopI 0078 x x x 1 01/01  x/x  02/02 
PopI 0079 x x x 1 01/02  x/x   x/x  
PopI 0080 x x x 1 01/02  x/x  02/02 
PopJ 0001 x x x 2 02/02 01/02 01/01 
PopJ 0002 x x x 2 02/02 01/02 01/01 
PopJ 0003 x x x 2 01/02 02/02 01/01 
PopJ 0004 x x x 2 02/02 02/02 01/01 
PopJ 0005 x x x 2 02/02 02/02 01/01 
PopJ 0006 x x x 2 02/02 02/02 01/01 
PopJ 0007 x x x 2 02/02 02/02 01/01 
PopJ 0008 x x x 2 02/02 02/02 01/01 
PopJ 0009 x x x 2 01/02 01/02 01/02 
PopJ 0010 x x x 2 02/02 01/02 01/02 
PopJ 0011 x x x 2 02/02 01/02 01/02 
PopJ 0012 x x x 2 02/02 01/02 01/02 
PopJ 0013 x x x 2 02/02 01/02 01/02 
PopJ 0014 x x x 2 01/02 02/02 01/02 
PopJ 0015 x x x 2 01/02 02/02 01/02 
PopJ 0016 x x x 2 01/02 02/02 01/02 
PopJ 0017 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0018 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0019 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0020 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0021 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0022 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0023 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0024 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0025 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0026 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0027 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0028 x x x 2 02/02 02/02 01/02 
PopJ 0029 x x x 2 01/02 01/02 02/02 
PopJ 0030 x x x 2 02/02 01/02 02/02 
PopJ 0031 x x x 2 02/02 01/02 02/02 
PopJ 0032 x x x 2 01/02 02/02 02/02 
PopJ 0033 x x x 2 01/02 02/02 02/02 
PopJ 0034 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopJ 0035 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopJ 0036 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopJ 0037 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopJ 0038 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopJ 0039 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopJ 0040 x x x 2 02/02 02/02 02/02 
PopK 0001 x x x 3 01/01 03/03 01/01 
PopK 0002 x x x 3 01/01 03/03 01/01 
PopK 0003 x x x 3 01/01 03/03 01/01 
PopK 0004 x x x 3 01/02 03/03 01/01 
PopK 0005 x x x 3 01/02 03/03 01/01 
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PopK 0007 x x x 3 01/02 03/03 01/01 
PopK 0008 x x x 3 01/02 03/03 01/01 
PopK 0009 x x x 3 01/02 03/03 01/01 
PopK 0010 x x x 3 02/02 03/03 01/01 
PopK 0011 x x x 3 02/02 03/03 01/01 
PopK 0012 x x x 3 02/02 03/03 01/01 
PopK 0013 x x x 3 01/01 03/03 01/02 
PopK 0014 x x x 3 01/01 03/03 01/02 
PopK 0015 x x x 3 01/01 03/03 01/02 
PopK 0016 x x x 3 01/01 03/03 01/02 
PopK 0017 x x x 3 01/01 03/03 01/02 
PopK 0018 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0019 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0020 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0021 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0022 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0023 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0024 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0025 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0026 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
PopK 0027 x x x 3 01/02 03/03 01/02 
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PopK 0029 x x x 3 02/02 03/03 01/02 
PopK 0030 x x x 3 02/02 03/03 01/02 
PopK 0031 x x x 3 02/02 03/03 01/02 
PopK 0032 x x x 3 02/02 03/03 01/02 
PopK 0033 x x x 3 01/01 03/03 02/02 
PopK 0034 x x x 3 01/01 03/03 02/02 
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PopK 0038 x x x 3 01/02 03/03 02/02 
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PopK 0040 x x x 3 02/02 03/03 02/02 
;;;;
run
llm pop Loc1
llm pop Loc1 pop*Loc1
lrt
fst pop
ass pop cat
