!
! Pedigrees from Feussner et al.  Genetics of Type III hyperlipoproteinemia.
! Genet Epidemiol 14: 283-97
!
! Age, sTG, sChol, VLDL, LDL, HDL, hyperchol, hyperTG, ApoE genotype.
!
set tdt both
set loc age qua
set loc TG qua
set loc Chol qua
set loc VLDL qua
set loc LDL qua
set loc HDL qua
set loc hiChol aff
set loc hiTG aff
set loc ApoE mar
read ped inline
! Age, sTG, sChol, VLDL, LDL, HDL, hyperchol, hyperTG, ApoE genotype.
8  101   x   x m 70 183 328  96 189 44 y n 2 2
8  102   x   x f  x   x   x   x   x  x x x x x
8  201 101 102 f 50 183 201  26 130 45 n n 2 4
8  202 101 102 f 41 225 204  41 134 29 n y 2 3
8  203 101 102 f 35 213 175  34 113 27 n y 2 3
9  101   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
9  102   x   x f  x   x   x   x   x  x x x x x
9  201 101 102 f 67 807 281  87  86 15 n y 2 3
9  202 101 102 f 66 282 241 101 105 34 n y 2 2
9  203   x   x m 69 121 319  17 254 48 y n 3 3
9  301 203 202 m 41 103 257  15 189 53 n n 2 3
12 101   x   x f 80  98 236   9 144 83 n n 2 3
12 102   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
12 201 102 101 m 53 462 332 202 100 31 y y 2 2
12 202   x   x f 50 228 193  35 124 34 n n 3 3
12 301 201 202 m 29 356 277  76 169 32 y y 2 3
15 101   x   x f 85  95 203  10 124 69 n n 2 3
15 102   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
15 201 102 101 f 58 490 255 145  73 37 n y 2 2
15 202   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
15 301 202 201 m 39 916 273  96 155 22 n y 2 4
15 302 202 201 f 28 215 174  40  82 27 n y 2 4
18 101   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
18 102   x   x f  x   x   x   x   x  x x x x x
18 201 101 102 f 79 181 176   x   x 35 n n 2 2
18 202 101 102 f 68 271 352 134 177 42 y y 2 2
18 203   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
18 204 101 102 f 67 415 208 128  49 31 n y 2 2
18 205   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
18 301 203 202 m 44 338 251  63 145 42 n y 2 3
18 302 205 204 f 38  73 196   6 130 60 n n 2 4
21 101   x   x f 62 441 488 270 187 31 y y 2 2
21 102   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
21 201 102 101 m 37 153 342  63 251 28 y n 2 2
21 202 102 101 m 41 387 385 120 243 22 y y 2 3
25 101   x   x m 75 347 253  87 126 40 n y 2 4
25 102   x   x f  x   x   x   x   x  x x x x x
25 201 101 102 f 37  88 156  13  71 72 n n 2 3
25 202 101 102 f 33  84 155   8  87 60 n n 2 3
25 203 101 102 f 43 412 260 123  96 41 n y 2 2
26 101   x   x f 84 251 315  61 202 52 y y 2 3
26 102   x   x m  x   x   x   x   x  x x x x x
26 201 102 101 m 52 133 302  43 217 42 y n 2 3
26 202 102 101 m 49 761 410 273 114 23 y y 2 2
29 101   x   x f 71 388 299 104 154 41 n y 2 3
29 102   x   x m 73 847 291 155 104 32 n y 2 3
29 201 102 101 m 41 127 223  14 130 79 n n 2 3
29 202 102 101 m 35 443 311 169 105 37 y y 2 2
35 101   x   x f 63 852 560 384 151 26 y y 2 4
35 102   x   x m 65 295 599   x   x 30 y n 2 3
35 201 102 101 m 32 265 232  49 137 45 n n 2 3
35 202 102 101 m 24  76 210   9 161 40 n n 2 3
35 203 102 101 m 26 620 375 252  88 34 y y 2 2
35 204 102 101 f 29 437 264 102 110 52 y y 2 2
35 205 102 101 m 34 1763 525 428 58 17 y y 2 2
39 101   x   x f 72 417 273 102 124 47 n y 2 4
39 102   x   x m 74  90 254  10 192 53 n n 2 4
39 201 102 101 m 53 1863 314 240 54 20 y y 2 4
39 202 102 101 m 50 1041 600 408 165 26 y y 2 2
39 203   x   x f 49  69 200   8 133 58 n n x x
39 301 202 203 m 24  76 119   9  71 39 n n 2 3
39 302 202 203 m  x   x   x   x   x  x x x x x
42 101   x   x f 41 137 379  24 318 38 y n 2 3
42 102   x   x m 44 141 200  26 133 41 n n 2 3
42 201 102 101 f 11 113 382  17 326 39 y n 3 3
42 202 102 101 m 17 137 153  34  75 44 n n 2 2
42 203 102 101 m 22 159 438  63 340 34 y n 2 2
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run
cor $q
tab hiTG hiChol ApoE   
kru TG ApoE
kru Chol ApoE   
freq
tdt hiChol
tdt hiTG
sibpair TG
sibpair Chol
asp hiChol
asp hiTG
assoc hiChol
assoc hiTG
assoc Chol
assoc TG

